Kaplumbağaların düşmanı Shredder, hapishaneye götürülürken Doktor Baxter Stockman liderliğindeki Foot Clan tarafından kaçırılmaya çalışılır. Bu sırada Shredder başka bir boyuta geçer ve Brain ile karşılaşır. Yaptıkları anlaşmaya göre, çok güçlü bir mutant bileşenini yanına alır ve aracında tanıştığı Rocksteady ve Bebop'u çok güçlü mutantlara dönüştürmek için kullanır. Kaplumbağalar, Shredder ve güçlü mutantların yanında olan Brain ile savaşarak, New York'un güvenliğini sağlamak zorundadır.
13 yaş altı izleyici kitlesi aile eşliğinde izleyebilir.
